Если бы была файловая система без отрицательных качество, то она бы осталась одна. А так, приходится выбирать в зависимости от задач. И так,
Файловая система FAT32, пришла на смену FAT16, которая уже не справлялась с возросшими задачами. У этой системы есть огромный плюс - её видят практически все устройства, хоть телефон, хоть холодильник, хоть телевизор. Но и гигантский минус имеется - ограничение на размер одного файла. Максимальный размер - 4 гигабайта.
Поэтому на смену пришла система exFAT. У этой файловой системы нет таких ограничений. И там размер одного файла может быть до 1 терабайта (если не ошибаюсь). Но и минус имеется. Эту файловую систему распознаёт очень мало переферийных устройств. Нет, компы и ноутбуки её видят, а вот телевизор, или там DVDплеер, уже нет.
Есть файловая система NTFS. У ней нет этих ограничений (нет, есть конечно, но очень большие размеры там). Вот только имеется у этой файловой системы определённые особенности, которые проявляют себя при записи на флешку. Там запись происходит через кэширование. То есть, нужные данные сначала заносятся в память устройства, а потом только записываются. Это очень медленно получается, и для флешек (для ячеек памяти), такой способ далеко не самый лучший.
Так что, тут надо выбирать для чего вы будете использовать флешку.