Скорее всего, там разный производитель у этих видеокарт.
Но не в этом суть.
Если они от производителя идут с одним вентилятором, то он даёт гарантию что видеокарта не сгорит и не выйдет из строя. То есть перегрева видеокарты GTX 1060 не будет.
Но я полагаю, что в габаритах они должны серьёзно отличаться.
Может быть вам следовало бы сопоставить с размерами материниской платы, которыю вы выбрали? На неё проверить возможность подключения конкретной видеокарты. И с возможностью установки в корпус этой материнской платы.