Я так понимаю, что налоговые органы предъявляют претензии и, как они считают, вполне обоснованные. В ваших интересах как можно скорее нанять сертифицированного специалиста, независимого эксперта в области бухгалтерии и налогового учета. Обращайтесь в компании, которые имеют опыт таких дел. Например, сюда можете обратиться https://urdis.ru/buhgalterskaya-ehkspertiza
Когда-то мне давали их координаты, правда для других целей. Попробуйте с ними сотрудничество наладить.