Очень и очень большая вероятность того, что жёсткий диск начинает "сдыхать",
Давно, в компьютерном журнале, я читал про подобные проявления, если на HDD начинало увеличиваться количество BAD секторов.
Про причину их появления я сказать не могу. А вот то, что в некоторых случаях это приводило к появлению неудаляемых папок, там именно и рассказывалось.
Надесь уже понятно, что исправить это коренным образом можно только заменой жёского диска.